故事设定在前作的五年后，乐高小人艾米特的生活再次面临了危机，这一次是因为神秘外星入侵者的突然降临。这些外星人将布里克斯堡变成了一片废墟，给城市带来了末日般的景象。在这场入侵中，大多数市民都变得坚强，但艾米特依然积极乐观，充满希望。然而，一位外星人军队的首领，名叫梅亨将军，宣布了一个令人震惊的要求：西斯塔星球的女王希望嫁给蝙蝠侠，以实现两个世界的和平。为了达成这一目标，蝙蝠侠、露西、本尼、胡须钢和独角猫被绑架，这一切的背后，隐藏着更大的阴谋。

在朋友们被绑架后，艾米特决定勇闯太空，亲自营救他们。在这个过程中，他结识了雷克斯，一个保卫银河系的考古学家、牛仔和猛禽训练师。雷克斯愿意协助艾米特，一起拯救朋友，同时也阻止了“我们的妈妈—末日之战”的预言成为现实。

除了太空冒险，电影还展现了现实世界中的争斗，兄妹之间的摩擦，以及家庭的重要性。芬恩的妹妹比安卡偷走了他的乐高积木，导致了一场争吵，甚至触发了“我们的妈妈—末日之战”的预言。这一情节不仅增加了电影的家庭元素，还强调了友情和团结的重要性。