《黑客帝国动画版》是由九个短片组成，以《黑客帝国》系列电影的世界观为基础，各篇的角度和风格独具特色，制作班底汇聚了来自日本、美国和韩国的动画精英。其中，《机器复兴》讲述了MATRIX的历史，揭示了机器人由于人类的残忍对待而反叛并将人类变为能源的故事。《少年故事》则叙述了一名少年收到来自网络的神秘召唤，而大批黑衣人对他展开围捕的故事。《虚拟程序》则展示了一对男女在虚拟训练程序中的片段，透露出虚拟世界的复杂性和危险性。《世界纪录》则描写了一位短跑运动员接近突破人类极限时却被系统所控制的故事，让人深刻思考科技与人类之间的关系。《超越极限》则叙述了由于系统错误，在平静的街区中出现了一片超常区域的故事，呈现出技术的不可预知性和影响。《侦探故事》则描写了一位侦探被系统所束缚的故事，试图从桎梏中摆脱出来的艰辛。《矩阵化》则讲述了一只机器人被人类捕获并驯化的故事，暗示着机器人可能会像人类一样被剥夺自由。最后，《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的过程，表现出人类与机器之间的激烈斗争。这些短片通过不同的故事情节，呈现出黑客帝国系列电影中未曾揭露的细节，也通过动画的形式展现出了技术的无限可能性和影响。