故事的第一条线索带我们回到了16世纪的西班牙。在这个时代，无畏的大将军托马斯·克里奥奉皇后伊莎贝拉之命前往新大陆探险，寻找传说中的“生命之树”。这棵神秘的树被认为赋予人永生的力量。托马斯在这段探险旅程中，不仅要面对叛变的下属和怨恨的仇敌，还要与玛雅人进行一场生死较量。最终，他来到了一个辉煌的隐秘之地，目睹了令人难以忘怀的奇幻景象。

另一条线索将我们带回了2000年，汤米·克里奥（休·杰克曼饰演）是一名医学家，他拼命寻找治疗妻子丽兹（蕾切尔·薇姿饰演）脑癌的方法。尽管自己是脑癌专家，但他无法救治妻子。然而，奇迹降临，当他的研究小组从南美洲带回一株奇特的树种标本时，药物的效果出奇不意地显现了。

第三条线索带我们来到了一个遥远的未来，那时的汤姆·克里奥（仍由休·杰克曼扮演）乘坐着一艘思想控制的透明圆球飞船穿梭太空。他的目的地是一个神秘的星云，正是玛雅人深信的灵冥世界。在浩瀚的宇宙中，他身边唯一的伴随是那棵即将凋零的古树，而他则时刻回忆着与丽兹的记忆。