电影《最后判决》讲述了一位神父阿李（刘青云饰）的故事。阿李一生都兢兢业业传道授业，向世人宣讲神的伟大和光辉。然而，命运却对他开了一个残酷的玩笑。

突如其来的一场意外，让阿李陷入了强奸犯的指控中，他被推上了被告人的席位，面临法律的审判。阿李的特殊身份使得此案充满了猎奇的意味，所有人都认定他必定会被判有罪。然而，只有阿李心中明白，自己从未背叛过信仰。

顾薇（李若彤饰）是一位恪尽职守的律师，她眼中的善恶和输赢都只是手中的玩物，唯有利益才是永恒不变的真理。她接手了阿李的案件，对他持怀疑态度。然而，在与阿李的接触中，她逐渐发现了一些令人疑惑的痕迹。

阿金（曾志伟饰）是一个黑帮头目，双手沾满了鲜血，但却是阿李门下最虔诚的信徒。神宽恕他的罪孽，但无法阻止他继续作恶。阿金站在阿李身边，成为他最坚定的支持者之一。

在顾薇和阿金的帮助下，阿李开始寻找真相，试图洗刷罪名，重获清白。他们展开了一场针对案件的调查，揭露了一个隐藏在幕后的阴谋。他们发现，这起案件背后涉及到权力、金钱和信仰的纷争，而阿李只是其中的一个牺牲品。