电影《文豪野犬Dead Apple》开端于六年前，横滨黑手党历史上最致命的“龙头抗争”中，各个组织被卷入一场血雨腥风之中。太宰治，与港口黑手党的盟友中原中一同度过了这场生死考验。在已故“朋友”的告别中，太宰治怀揣着对新生活的渴望，离开老板·森鸥，开始了新的生活。

两年后，福泽谕吉创立的武装侦探社欢迎了新成员中岛敦和泉镜花，共同度过了喧嚣而平静的日常。然而，世界各国异能力者相继自杀的离奇事件发生，超过500名异能力者因自身异能而丧命，现场出现难以置信的“雾”。内务省异能特务课将这一系列事件命名为“异能力者连续自杀事件”，武装侦探社受坂口安吾委托出动，调查涉案男子涩泽龙彦。

涩泽龙彦，被称为“收藏家”的谜团包围着他，潜伏在横滨。然而，在调查的过程中，魔人·费奥多尔的身影逐渐显现。横滨的街道即将被一场恐怖的恶梦所吞噬，而太宰治音信全无。在国木田的指挥下，敦和镜花接到“排除主谋者”的任务，前往敌人的所在地。然而，阻挡在他们面前的是港口黑手党的芥川龙之介。芥川透露了一个令敦始料未及的真相。