电影的背景设定在抗日战争时期，年轻的女考古学家方志珍与她的父亲方教授在大学任教，志珍怀揣着深厚的爱国情感，决心寻找失落在民间的神医华佗的医著。志珍与日本考古学家川多磨在一座古塔中发现了两颗明珠，却遭到了德国考古学家干戈及其手下的抢夺。不久后，川多磨接到命令留下寻找华佗医书的任务，她得到了浪人西协美知子和高城丈二的协助。为了尽快找到医书，志珍和她的团队来到了一个神秘的秘宫，那里一颗明珠上的线索引导着她们前行。

在追寻医书的过程中，志珍发现了一幅画，上面写着“开启天门之匙”，这让她对医书的寻找产生了更多的信心。然而，干戈一直在追踪她们，试图夺走所有线索。电影中发生了激烈的争斗和追逐，充满了紧张和危险。

《决战天门》不仅仅是一部电影，更是一段珍贵医典的探索之旅。影片通过丰富多彩的角色和精彩的情节，将观众带入了一个充满神秘和冒险的世界。同时，电影也反映了那个时代的历史背景和人们对珍贵文化遗产的珍视。这部电影让观众思考了爱国情感和文化传承的重要性，以及为了保护文化遗产而付出的努力。