冬天的2002年，横浜大桥突然遭到战斗机的炸毁，媒体称此为自卫队战机所为，然而，这架战机却并不存在。社会各界对自卫队产生了广泛的不信任感。特车二课第二小队的后藤队长敏锐地察觉到事件与在99年失踪的自卫队队员柘植有关。1999年，日本陆上自卫队的机器人小队在一次联合国维和行动中遭到全歼，而柘植是特车二课第一小队队长南云的失踪恋人。

随着民众的不信任感达到巅峰，东京进入了戒严状态，骚乱即将爆发，战争的阴云笼罩城市。在自卫队王牌队员荒川的协助下，后藤和南云找到了柘植的踪迹。为了解开事件的真相，后藤召集了泉、篠原等特车二课的成员，启动PATLABOR机器人，准备进攻柘植的根据地。

故事情节扑朔迷离，后藤和南云在调查中逐渐揭开了一个个令人震惊的秘密。原来，99年的联合国维和行动并非简单的事故，而是一场巨大的阴谋。柘植成为关键人物，他在背后操纵着一切，企图引发一场更加恐怖的事件。随着剧情的推进，后藤和南云深陷危机四伏的局势中，面对巨大的压力和艰巨的任务，他们能否揭示事件背后的真相，挽救东京于水深火热之中？