电影故事的起点，是迈克为儿子托尼举行圣餐仪式和庆祝活动的那个夜晚。在这个欢乐的场合中，迈克却在家中遭到了致命袭击，而凶手被人灭口，使得迈克陷入了家族事业的重大危机。这一刹那，迈克被迫回忆起了父亲维多·柯里昂年轻时在美国的创业历程，这个回忆成为影片中重要的情感线索。

影片通过交织的叙事线，将第二代教父迈克（阿尔·帕西诺饰）的奋斗与第一代教父维多·柯里昂（罗伯特·德尼罗饰）的创业故事相互呼应。观众在电影中能够深刻感受到不同历史时期两代教父所面对的挑战和机遇。

迈克不仅要调查袭击的真相，还必须继续经营家族的非法生意，包括赌博和酒店等。在这个过程中，他将与另一位黑帮人物海门·罗斯（Robert Duvall饰）进行智斗，不断扩大家族的势力范围，但也因此引起了政府的关注，陷入一系列指控之中。

然而，电影并不仅仅关注迈克的犯罪事业，它也深刻刻画了他的家庭生活。迈克的夫妻关系岌岌可危，感情陷入破裂的边缘。更令迈克痛心的是，家族内部的背叛和亲人之间的矛盾。这一切与第一代教父维多·柯里昂和家庭的幸福和谐形成鲜明对比，成为电影中的一大情感冲突。